Edward arvet tronen etter sin far 9. april 1483, men ble aldri kronet. Han ble fraktet til Tower of London i påvente av kroningen, men så avsatt av onkelen Richard, hertugen av Gloucester 26. juni 1483. Han og broren Richard er kjent som Prinsene i Tower.
Edward ble født 2. november 1470 i Westminster Abbey, der moren Elizabeth Woodville hadde søkt tilflukt etter at Edward IV var blitt jaget fra landet under Rosekrigen. Etter at Edward IV kom tilbake på tronen i mai 1471 ble Edward utnevnt til Prins av Wales. I 1473 fikk han sitt eget hoff ved Ludlow Castle i Wales. Her var han under oppsyn av dronningens bror Anthony Woodville, Earl Rivers.
Kupp
Den 12 år gamle Edward var ved Ludlow da han mandag 14. april 1483 fikk vite om farens død. I testamente utnevnte Edward IV broren Richard til sønnens verge. Edward satte kursen mot London sammen med Anthony Rivers og sin halvbror Richard Grey. Den 29. april møtte de onkel Richard ved Stony Stratford. Dagen etter arresterte Richard Anthony og Richard Grey og sendte dem nordover. De ble senere henrettet. Edward protesterte, men Richard tok ham med til London og fra 19. mai ble han plassert i Tower of London. Der fikk han selskap av sin yngre bror Richard, hertugen av York 16. juni.
Det kongelige rådet ønsket en snarlig kroning av Edward, men Richard utsatte det gang på gang. 22. juni kom påstanden om at ekteskapet mellom Edward IV og Elizabeth Woodville var ugyldig fordi Edward hadde vært forlovet med Lady Eleanor Butler da han giftet seg. Alle barna deres ble derfor erklært uekte og 25. juni erklærte parlamentet Richard III for nye konge.
Mysteriet med de forsvunne prinsene
I løpet av sommeren ble det færre og færre observasjoner av de to brødrene i Tower inntil de forsvant helt. Brødrenes skjebne er ukjent, men den mest utbredte teorien er at Richard fikk dem myrdet. I William Shakespear’s skuespill Richard III blir de kvalt med en pute.
I 1674 ble det funnet skjeletter av to barn i en kiste da de skulle restaurere en trapp i Tower. Levningene ble tatt vare på av Charles II og plassert i en urne i Westminster Abbey. Charles III har vist interesse for å få undersøkt levningene med moderne metoder og historiker Philippa Langley, som lokaliserte Richard IIIs levninger under en parkeringsplass i Leicester har etterforsket saken etter Cold Case metoder. I sin nye bok åpner hun for muligheten om at guttene faktisk overlevde og flyktet til sin tante Margaret i Flandern.