Margaret var den andre datteren til Robert II, hertug av Burgund og Agnes av Frankrike, datter at Louis IX. Hun giftet seg med sin tremenning, den franske arveprinsen Louis I av Navarra i 1305 og fikk datteren Jeanne.
I 1314 ble Margaret tatt i utroskap i Tour de Nesle affæren sammen med svigerinnen Blanche. Da Edward II og Isabelle var på besøk i Frankrike i 1313, ga Isabelle sine svigerinner juvelbesatte vesker i gave. Senere oppdaget hun at disse ble båret av et par riddere og konkluderte med at Margaret og Blanche var utro mot brødrene hennes. Hun informerte Philippe IV om dette da hun var på besøk igjen i 1314. Svigerinnene ble dømt til livsvarig fengsel og havnet i kjelleren på Château Gaillard hvor soningsforholdene var dårlige.
I november samme år ble Louis konge av Frankrike og Margaret dronning, men Louis ville verken benåde henne eller krone henne. En stridig pave nektet å annullerte ekteskapet.
Etter å ha blitt behandlet dårlig i fengselet, fikk Margaret en forkjølelse og døde i august 1315. Andre mener hun ble kvalt.
Datteren Jeanne II ble dronningregent av Navarra. Hennes opphav var uklart etter utroskapssaken, men på dødsleiet anerkjente Louis X henne som sin datter.
