Francois II fikk en kort regjeringstid som var preget av starten på religionskrigene i Frankrike. Han var også dronninggemal til Mary Stuart av Skottland.
Francois var den eldste sønnen til Henri II og Catherine de’Medici – ble født i 1544, hele 11 år etter foreldrenes bryllup. Grunnen til at det tok så lang tid å produsere en arving var antagelig at Henri foretrakk selskapet til elskerinnen Diane de Poitiers. Francois ble døpt 10. februar 1544 og fadderne var Francois I, pave Paul III og grandtanten Marguerite av Navarra. Han ble guvernør av Languedoc i 1546 og dauphin av Frankrike da bestefaren døde i 1547.
Mary Stuart
Da Francois var fire år gammel ble han forlovet med Mary Stuart som var blitt skotsk dronning da hun var seks dager gammel. Mary var også barnebarn av den mektige hertugen av Guise. Hun ble sendt til Frankrike da hun var seks år og vokste opp ved det franske hoffet sammen med Francois.
Francois og Mary giftet seg 24. april 1558 i Notre Dame i Paris. Giftemålet skulle gi Frankrike krav på den skotske tronen gjennom neste generasjon og dessuten også et krav på den engelske tronen siden Marys oldefar var Henry VII. Dessverre døde Francois før de fikk noen barn.
Bare ett år etter bryllupet ble Francois konge av Frankrike etter at faren Henri ble drept i en ulykke. Francois ble kronet i Reims av Charles, kardinalen av Lorraine 21. september 1559. Kronen var så tung at man måtte hjelpe ham å holde den på plass. Deretter flyttet kongeparet til Château de Blois i Loire-dalen.
Upopulære regenter
Selv om han var gammel nok til å regjere selv, var han både uerfaren og ved dårlig helse og overlot mye av styret til Marys onkler fra Guise-familien: Francois, hertugen av Guise og Charles, kardinalen av Lorraine. Catherine de’Medici var i sorg og sa seg enig i denne ordningen. De to Guise-brødrene hadde hatt viktige stillinger også under Henri II. Nå fikk hertugen av Guise ansvaret for militæret og kardinalen tok seg av finans, justis og diplomati. Andre tidligere høytstående personer ved hoffet som Anne de Montmerency, landets høyeste militære leder, ble skviset ut.
Guise-familien var ikke populær og ble sett på som ambisiøse utlendinger fra Lorraine som hadde fått tildelt fransk statsborgerskap av Francois I. En opposisjonsgruppe ledet av Antoine, kongen av Navarra, og etterkommer av Louis IX, utfordret dem. I tillegg slet staten med en vanskelig økonomisk situasjon etter krigene mot habsburgerne.
Protestant-opprør
Francois IIs styre ble preget av religiøse uroligheter. Undertrykkelse av protestantene førte til Amboise-konspirasjonen – et kuppforsøk mot kongen og Guise-familien. Planen var å kaste regjeringen og erstatte det med Prinsene av blodet – Antoine av Navarra og broren Louis, prinsen av Condé, som begge støttet den nye religionen. Catherine de’Medici forsøkte å forhandle mellom partene, men det hele endte med et blodbad. Etter dette skjønte man at forfølgelsen av protestanter bare gjorde de religiøse spenningene verre og anført av Catherine de’Medici la de seg på en mer forsonende linje. I august 1560 ble Prinsene av blodet og Montmerency invitert til å ta del i kongens råd. Rundt om i landet fortsatte likevel de protestantiske opprørene og Francois måtte sette inn militære styrker for å få kontroll. I oktober 1560 ble prinsen av Cordé arrestert, mistenkt for å stå bak opprøret.
Skottland
Etter bryllupet hadde Mary Stuart signert en hemmelig avtale om at Skottland skulle bli en del av Frankrike selv om paret ikke fikk barn. Marys mor, Marie av Guise var allerede regent i landet. De skotske lordene gjorde opprør og Marie av Guise og hennes råd måtte flykte fra Edinburgh. De ba Frankrike om hjelp og ved slutten av 1559 hadde de kontroll. Men opprørerne fikk hjelp av Elizabeth I og i fredsavtalen i Edinburgh i juli 1560 måtte Frankrike trekke troppene sine tilbake. Det skotske parlamentet innførte protestantismen som statsreligion, men Francois og Mary nektet å godta dette.
Francois’ helse hadde alltid vært dårlig, men høsten 1560 forverret den seg. Den 16. november kollapset han og han døde 5. desember i Orléans. Han ble etterfulgt av sin 10 år gamle bror Charles med Catherine de’Medici som regent. Mary Stuart returnerte til Skottland og Guise-brødrene forlot hoffet, mens prinsen av Condé ble løslatt fra fengselet.
